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湖南大学联合苏州系统医学研究所等单位开发流感病毒预测预警平台FluPhenotype

发表时间:2020-02-15 11:21

近年来,新发突发流感病毒暴发频繁,对人类社会造成了很大的人员伤亡与经济损失,严重威胁全球公共卫生安全。快速确定新发突发流感病毒的表型特征有助于快速评估其风险并对其进行预测预警。2020年2月12日来自湖南大学,苏州系统医学研究所,中国国家流感中心和中山大学等单位的研究人员在国际生物信息学专业权威期刊《Bioinformatics》发表题为“FluPhenotype - a one-stopplatform for early warnings of the influenza A virus"的文章,介绍了基于分子标记物的流感病毒表型预测平台FluPhenotype(网址:http://www.computationalbiology.cn:18888/IVEW),该平台有助于新发突发流感病毒的预测预警。

对于新发突发流感病毒的预测预警是流感防控领域的重要课题。研究人员通过整合流感病毒核苷酸和氨基酸水平的分子标记物,以及基于分子标记物的抗原和宿主等预测模型,建立了快速预测流感病毒的抗原,宿主,致病性,耐药性等多个表型的预测平台FluPhenotype (如下图所示)。FluPhenotype平台的输入为流感病毒的基因组或者蛋白序列。该平台将自动从基因组或者蛋白序列中抽提分子标记物和序列特征进行病毒表型的预测,输出对于流感病毒的抗原特征、潜在感染宿主、对于哺乳动物的致病性以及对于抗流感病毒药物的耐药性等四个方面的表型,为综合评估该病毒发生和播散的风险提供科学依据,有助于新发突发流感病毒的预测预警。

FluPhenotype平台上线之后受到国内外流感同行的广泛关注,目前已经有来自中国,美国,欧洲等多个国家和地区的同行使用,产生了一定的社会影响。
  该工作受到国家重点研发计划(2016YFC1200200, 2016YFD0500300)和国家自然科学基金(31500126and 31671371)等多个项目的支持。在FluPhenotype的开发过程中,受到了来自国家流感中心和多个地方疾控中心流感防控人员的大力支持和帮助,同时也受到中山大学公共卫生学院(深圳)舒跃龙院长(前国家流感中心主任)和国家流感中心王大燕主任等多位流感防控专家的指导。该工作的第一作者为湖南大学的硕士研究生卢聪毓和博士研究生蔡泽娜,通讯作者为湖南大学副教授彭友松与苏州系统医学研究所蒋太交教授。


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